首先，打水井时操作钻井机的工作人员必须要持证上岗，要具备打井相关的知识，而且人员的保持健康的体魄。工作人员在使用钻井机的时候不能擅离职守，必须要有人照看机器的正常运行。操作时还要注意钻井机有无异常声响，如有要及时处理。还要观察各压力表是否正常工作，如果有异常也要及时处理。
其次，如果钻井机没有使用液压系统，拧管机切换阀需要放在油泵卸载的位置。需要变档的时候，要先把离合器切断，然后把齿轮停止转动，在扳动变速手柄进行变档，同时要固定好手柄。
最后，操作离合器时要避免猛开猛合，要平稳，不然离合器会处于半接合状态。如果意外导致卡盘失去动力，油泵和液压系统出现事故，要先卡住钻杆或钻具，然后请专业人员前来检修。
利用水井钻机打井的时候如果遇到地层故障怎么办？我们要先搞清楚是什么地层，不同的地层处理的方法也不一样。流沙层和石膏层我们在钻井的时候经常运到，如果打井中出现石膏侵都需要采用不同的方式处理。
首先，如果钻井的时候遇到石膏层，需要对钻井液进行处理，加入除钙降粘剂或者纯碱，这样可以降低固相和粘切，清除钙离子，这样才能保证钻井液的稳定性。最好提前准备好处理剂，来提高钻井液抗石膏污染的能力。
其次，如果在钻井的时候遇到流沙层，就需要对钻井液粘度进行提高，还有膨润土含量也要提高，工程中把排量降低可以减少对流沙层冲蚀。起钻后需要封闭该井段，可以使用粘度较大的稠泥浆。
最后，由于钻井地方的不同地质结构也不同，所以在钻井的过程中遇到不同的地层是很正常的，遇到流沙层也是比较常见的，建议操作人员在使用之前多学处理的方法，避免钻井出现问题手忙脚乱。